6 شهریور-  بعد از ظهر  14 تا 18  

-          مبانی فیلوژنی

-          ترمینولوژی فیلوژنی و ابزارهای مربوطه

-          فیلوژنی و روابط انگل-میزبان، هم تکاملی، بیماری زایی

-          شروع کار با یک توالی خام

-          آنالیز شباهت توالی

-          دیتابیس های مورد استفاده در فیلوژنی و آنالیز توالی

-          Alignment و خطاشناسی آن

-          رسم درخت و خطاشناسی آن

-          فیلوژنی تک ژنی و چند ژنی 

این کارگاه که در دو نشست سه ساعته برگزار خواهد شد بطور فشرده روش های اصلی تجزیه داده ها را بصورتی که در آمار نوین مطرح است در محیط نرم افزار R آموزش خواهد داد. شرکت کنندگان محترم لطفا لپ تاپ همراه داشته باشند.

معرفی و آشنایی با برنامه R

چگونگی انتخاب نوع آنالیز آماری

طریقه ساختن فایل داده ها و خواندن آن در برنامه R

روش انجام آنالیزهای آماری در R که شامل مواردزیر خواهد بود:

رگرسیون- تجزیه واریانس- تجزیه کواریانس- رگرسیون لجستیک (و تجزیه انحراف لجستیک)- مدلهای لگاریتمی-خطی و تجزیه پروبیت

 

http://jkarimzadeh.ir/

 پیشنهاد می شود شرکت کنندگان محترم برای استفاده از سیستم اینترنت وایرلس، کامپیوترهای لپ تاپ یا تبلت همراه داشته یاشند.

 

آشنایی با مفاهیم و اصول ژنومیکس

جستجو در منابع اطلاعات علمی و بانکهای ژنی

آشنایی با  کاربردBlasting 

آشنایی با برنامه های مفید مرتبط با ژنومیکس کاربردی

آشنایی با اصول و مبانی واکنش زنجیره ای پلیمراز  (PCR)

آشنایی با انواع مختلف Multiplex PCR, Nested PCR) PCR)

آشنایی با اصول طراحی پرایمر برای PCR معمولی و Q-PCR

 انجام عملی PCR و بررسی مشکلات احتمالی

انجام عملی الکترفورز و مشاهده محصولات PCR

 

 

 

مطالب مورد بحث کارگاه

 سرآغاز: تاریخچة زیست‌شناسی تکاملی؛ نوداروینی‌ها؛ فرضیة تکامل؛ آینده‌پژوهی بیوسیستماتیک

تئوری (چهار ساعت):

بخش اول: آموزش مبانی و مفاهیم: مفاهیم رده‌بندی، گونه‌زایی و بیوسیستماتیک جانوری؛ گونه و سایر تاکسون‌ها؛ فرضیات پیدایش گونه‌ها؛ مفاهیم مختلف گونه؛ مکاتب شناخت گونه؛ انواع داده‌ها در گونه‌زایی و بیوسیستماتیک جانوری؛ اصول جغرافیای جانوری.

 بخش دوم: آموزش مبانی گونه‌زایی: مطالعات مولکولی در گونه‌زایی؛ داده‌های مولکولی و سایر داده‌ها در گونه‌زایی؛ ساختار ژنتیک جمعیت؛ ژنتیک مندلی و ژنتیک مولکولی؛ مبانی اندازه‌گیری مادة وراثتی و الکتروفورز؛ انواع جهش‌ها؛ محاسبة نرخ جهش؛ تعادل انتخاب طبیعی؛ جمعیت‌ها، زیرگونه‌ها و نژادها؛ الگوهای گونه‌زایی؛ انقراض‌های بزرگ و تنوع زیستی؛ ماکرومولکول‌ها: فیلوژنی و رده‌بندی طبیعی.

بخش سوم: آموزش اصول بیوسیستماتیک جانوری: مقدمات و مفاهیم بیوسیستماتیک؛ مبانی آنالیز داده‌ها؛ فرضیات و مکاتب ماکروتاکسونومی؛ مفاهیم مونوفایلی، پولی‌فایلی و پارافایلی؛ فیلوژنی و تکامل؛ مزایا و معایب روش‌های فنتیک، کلادیستیک و لایکلیهود؛ معرفی اجمالی نرم افزارها، بانک‌های جهانی ژن و ماتریس؛ طرح‌های کلان در بیوسیستماتیک جانوری.

آزمایشگاه عملی (چهار ساعت) لازم است متقاضیان با لپ‌تاب شرکت کنند:

1- تمرین عملی کاربری ابزارهای تخصصی در گردآوری داده‌های شکل‌شناسی پیوسته و گسسته روی تعدادی مشخص از نمونه‌های واقعی

2- آموزش تشکیل ماتریس داده‌ها و روش‌های ترکیب داده‌ها

3- ورود داده‌ها و آنالیز ماتریس در محیط TNT و محاسبات استحکام شاخه ها

4- تحلیل درخت به دست آمده و تفسیر نتایج

5- آموزش روش‌های آماده سازی گرافیکی درخت برای انتشار در مقاله و پایان نامه

عنوان کارگاه تخصصی: بیوسیستماتیک و گونه‌زایی جانوری (تئوری و عملی)

مدرس: دکتر محسن مفیدی نیستانک

طول دوره: یک روز (شامل 4 ساعت آموزس تئوری و 4 ساعت آموزش عملی)

تعداد شرکت‌کنندگان: حداقل 10 و حداکثر 30 نفر (لازم است هر فرد لپ‌تاب همراه داشته باشد)

مخاطبان: دانشجویان و دانش‌آموختگان ارشد و دکتری، محققین، مدرسین (پیش‌نیاز: دانستن اصول و مفاهیم کلی تاکسونومی)

در این کارگاه مدل سازی ریاضی تغییرات جمعیت و شبیه سازی کامپیوتری در دو نشست سه ساعته بطور فشرده بصورت نظری و عملی آموزش داده خواهد شد. شرکت کنندگان محترم لطفا لپ تاپ همراه داشته باشند.

مقدمه ای بر مدل سازی

سیستم های پویا

دینامیسم جمعیت و سطح تعادل و پایداری

 Bifurcation (تغییرات کیفی رفتار سیستم های پویا)

معرفی مدل های اکولوژیک

بسط مدل Lotka-Volterra  برای سیتم های ditrophic و tritrophic

آنالیز پایداری به شیوه تحلیلی با استفاده از خطی سازی (Linearization)

Descartes’ rule of signs/Routh-Hurwitz criterion 

تجزیه عددی (Numerical analysis) با استفاده از نرم افزار Mathematica

رفتار دوره ای (limt cycle) و آشوب (chaos)

http://jkarimzadeh.ir/

همراه داشتن لپ تاپ توسط شرکت کنندگان که قابلیت اتصال به اینترنت داشته باشد، ضروری است.

• 
  
  
  
  • 
    
    
    
    • ارزیابی و ویرایش توالی‌های DNA (Sequence Alignment): کار با نرم افزارهای 1- Mega 2-  MAFFT
    
    
    • ترسیم و مشاهده درخت فیلوژنی چند ژنی: کار با نرم افزارهای 1- model test 4- Mesquite 3-  MrBayes2- Geneious
    
    
    • ارسال توالی ها به بانک ژن: کار بانرم افزار Sequin
    
    
    
    
  
  
  
  

در این کارگاه، روش های عملی جداسازی، شناسایی و اندازه گیری آفلاتوکسین به عنوان یکی از سموم اصلی قارچی مورد بحث و بررسی قرار خواهد گرفت. قارچ مولد آفلاتوکسین آسپرژیلوس فلاووس در محسط های کشت عمومی و اختصاصی رشد داده شده و آفلاتوکسین پس از استخراج از ریسه ها و محسط کشت قارچ به روش های کروماتوگرافی لایه نازک معمولی و با کارایی بالا مورد آنالیز قرار خواهند گرفت. 

1- کشت قارچ مولد مایکوتوکسین (آفلاتوکسین) آسپرژیلوس فلاووس در محیطهای عمومی و اختصاصی

2- استخراج آفلاتوکسین از ریسه ها و محیط کشت قارچ

3- تغلیظ و آماده سازی آفلاتوکسین استخراج شده

4- آنالیز آفلاتوکسین به روش کروماتوگرافی لایه نازک (TLC) روی صفحات سیلیکا ژل

5- آنالیز آفلاتوکسین به روش کروماتوگرافی لایه نازک با کارایی بالا (HPTLC) روی صفحات سیلیکا ژل

6- تجزیه و تحلیل و نتیجه گیری نهایی 

http://fa.pasteur.ac.ir/pages.aspx?id=323